La Fosa de los Penitentes es una salida invisible de El Laberinto, es la única salida y entrada del Laberinto. Es un pequeño hoyo localizado más allá de El Acantilado.
Correr o Morir
Mientras Thomas y Minho exploraban el Laberinto, vieron a un Penitente y lo siguieron, llevándolos al Acantilado por el cual se tiró hacia el vacío. Eventualmente Thomas y Minho descubrieron que esta era la salida del Laberinto.
Dentro de la Fosa, hay varias cámaras donde los Penitentes descansan y se recargan, también hay una computadora donde se tiene que escribir un código para poder salir, el código fue descubierto por los Mapas, formaban palabras.
Cuando los Habitantes intentan escapar de El Área, Thomas, Teresa y Chuck entran en la fosa y desactivan a los Penitentes.
La Cura Mortal
En la Cura mortal, Thomas, Teresa y otros Habitantes regresan a El Área, ya que los Inmunes han sido enviados por CRUEL, mientras el Laberinto y el Área se están destruyendo, Thomas y Teresa entran a la Fosa y algunos Penitentes despiertan y comienzan a atacar a los Inmunes.